Dianggap sebagai ‘otak’ dari system irigasi automatis, controller menyimpan dan melakukan perintah schedule irigasi. Diprogram untuk memerintahkan valve untuk buka atau tutup, menyalakan sprinkler hidup dan mati sesuai schedule yang telah di set.
Tersedia dari harga yang ekonomis sampai ke full computerized central controller yang mampu menghitung schedule irigasi berdasarkan perbedaan cuaca.